El primer nombre que recibió este pueblo fue el de Acapulco, que significa «lugar de cañas en el lodo» o «lugar donde se destruyen los carrizos». El nombre se debe a que en dicho territorio yacía un estuario en el cual se perdían las aguas de la Barranca de Texcolli, además fue ahí donde se asentaron las primeras familias acolhuas quienes construyeron los cimientos del pueblo.

     Posteriormente el nombre se cambia a Atlapulco, que significa «donde revolotea el agua» o «en las tierras del fango»; transformando el sentido de la palabra para representar ya no la destrucción de las aguas por el rellenamiento de su estuario, sino la conquista de sus habitantes sobre su medio físico y geográfico.

     El nombre de San Gregorio se ha conservado muestra del sincretismo cultural entre la cultura indígena y la española, haciendo alusión a San Gregorio Magno, considerado como el Santo, Doctor y Papa de la Iglesia Católica. Aunque según datos del INEGI en el Censo de 1910, el pueblo adquirió el nombre de San Jerónimo Atlapulco, para casi una década después regresar al nombre con que es conocido, es decir: San Gregorio Atlapulco.